Die Parodontaltherapie ist rein chirurgisch und folgt der nicht-chirurgischen Phase der Initialbehandlung. Unter Initialbehandlung, auch Kausaltherapie genannt, versteht man jene Maßnahme, die den Patienten auf die Chirurgie vorbereiten soll, d.h. die Motivation zu einer gründlichen Mundhygiene und zu einer supra- und subgingivale Zahnsteinentfernung.
Die Zahnsteinentfernung wird normalerweise unter Lokalanästhesie in zwei Sitzungen von jeweils einer Stunde, (mit einer einwöchigen Pause dazwischen) bzw. in einer einzigen längeren Sitzung durchgeführt.
Am Ende dieses Prozesses werden eine oder mehrere Operationen programmiert. Diese können unterschiedlicher Art sein, haben aber alle das Ziel, die Tiefe der Taschen zu verringern. Um die erzielten Ergebnisse zu stabilisieren, folgt darauf hin die Erhaltungstherapie, in der der Patient sehr sorgfältig betreut werden muss.